El accidente ocurrió a las 11:40 hora local (2:40 GMT) del jueves en un cruce en la línea Keikyu en el distrito Kanagawa, de Yokohama, reportó la cadena de televisión NHK.
Varios vagones del tren descarrilaron y el camión se incendió tras la colisión, dijeron los servicios de emergencia.
La policía informó que el conductor del camión, de 67 años, resultó gravemente herido luego de quedar atrapado debajo del tren, citó la agencia Kyodo.
Los servicios de trenes entre las estaciones de Keikyu Kawasaki y Kamiooka fueron suspendidos.
El gobierno estableció una oficina de enlace en la oficina del primer ministro para supervisar la respuesta al accidente, mientras que la Junta de Seguridad del Transporte de Japón anunció que enviará investigadores al lugar del accidente ferroviario.
La línea Keikyu, operada por la compañía ferroviaria privada Keikyu Corp., atraviesa Tokio y la vecina Prefectura de Kanagawa, transportando pasajeros desde y hacia el aeropuerto de Haneda.